對於慢性腸炎這種疾病，很多人並不重視。只有到了“病來如山倒”的時候，才後悔莫及。此病不及時治療的話後果是很嚴重的，併發症也會隨之而來。慢性腸炎常見的併發症主要有幾下幾種：
(1)中毒性結腸擴張：在急性活動期發生，發生率約2%，是由於炎症波及結腸肌層及肌間神經叢，以致腸壁張力低下，呈節段性麻痹，腸內容物和氣體大量積聚，從而引起急性結腸擴張，腸壁菲薄，病變多見於乙狀結腸或橫結腸。誘因有低血鉀、鋇劑灌腸及使用抗膽鹼能藥物或鴉片類藥物等。臨牀表現爲病情迅速惡化，中毒症狀明顯，伴腹脹、壓痛、反跳痛，腸鳴音減弱或消失，白細胞增多，X線腹平片可見腸腔加寬，結腸袋消失等。容易併發腸穿孔。病死率可達11%～50%。
(2)潰瘍穿孔：在結腸擴張基礎上易引起潰瘍穿孔併發急性瀰漫性腹膜炎。
(3)潰瘍出血：因潰瘍累及血管發生出血外，低凝血酶原血癥亦是一個重要原因。往往因出血量大而需要治療。
(4)癌變：癌變的發生與疾病時限和病變範圍有關，病程越長，範圍越廣，癌變越多。發生率約5%，比無結腸炎者高10倍，多見於結腸炎病變累及全結腸、幼年起病和病史超過10年者。
(5)結腸狹窄和腸梗阻：修復過程中，大量纖維組織形成的瘢痕可引起結腸狹窄和腸梗阻，多見於結腸遠端。
