各種條件允許的話，建議是所有肺鱗癌、肺腺癌的患者都做基因檢測。首先最應該檢測的是EGFR基因，其突變陽性的概率在我國非小細胞肺癌人中約佔百分之三十以上，等於1/3的病人一線就適合吃TKI藥物。患者等待基因檢測可能需要較長的時間(一週至兩週)，並且部分醫院該部分是醫保的，尤其需要強調的是這個等待是值得的，因爲這個結果對下一步治療至關重要。
此外，還應該檢測EML4-ALK融合基因，如果這個細胞發生融合基因表達陽性的話，另有靶向藥物治療，就是大衆尚不熟悉的克唑替尼，但是發生率在我國加起來不過百分之十，我們優先做EGFR基因檢測，再做EML4-ALK檢測。
而不同基因檢測的方法，所需要的時間也不盡相同。以檢測ALK基因爲例，採用Ventana IHC這種免疫組化方法大約12天就可以出結果;採用FISH(熒光原位雜交)時大概需要34天出結果;採用PCR(聚合酶鏈反應)這種比較複雜的分子生物學檢測方法，則大約需要57個工作日出結果(國際上要求兩週之內出基因檢測結果)。
不同的基因檢測方法，費用各不相同。其中，免疫組化檢測相對便宜一點，大約需要幾百元。其它的基因檢測方法，如FISH(熒光原位雜交)和PCR(聚合酶鏈反應)則稍貴，而且不同醫院因爲需要檢測的基因位點數量不同，檢測數量越多越貴。
