出現百日咳時，可服用抗生素、解痙鎮咳藥、糖皮質激素、支氣管舒張藥等西藥進行治療；也可辨證應用化痰降氣、速肺降逆、補肺健脾等中藥治療，促使病情儘快好轉。
1.抗生素
出現百日咳時，大環內酯類抗生素是首選藥物。若合併肺炎時，可進行藥敏試驗，選擇敏感性抗生素治療，促使病情儘快好轉。
2.解痙鎮咳藥
若患者咳嗽頻繁、劇烈，可應用解痙鎮咳藥物對症治療，緩解不適症狀。
3.糖皮質激素
百日咳病情較嚴重時，還可短期小劑量應用糖皮質激素進行干預，促使症狀儘快緩解。
4.支氣管舒張藥
患兒咳嗽症狀特別嚴重時，也可應用支氣管舒張藥，促使支氣管舒張，緩解咳嗽症狀。
5.中藥治療百日咳
患病初期可應用疏風清熱、化痰降氣的中藥辨證治療；痙咳期可應用清熱化痰、肅肺降逆的中藥辨證治療；恢復期可應用益氣養陰、補肺健脾的中藥辨證治療。
