肛竇炎
直腸炎未及時治療時，可能引起肛竇炎等肛腸病，有繼發肛周膿腫的危險。
腸狹窄
病程持續5-25年以上的患者大多發生，一般無症狀徵兆，嚴重時腸堵塞，本病腸狹窄時，要警惕腫瘤，及時鑑別良性惡性，對症治療。
腸息肉、結腸惡變
直腸炎超過五年，腸道潰瘍面會在炎症的長期刺激下容易異常增生，引發腸息肉，一釐米以上腸息肉惡變率極高。
肛門管炎
這是與直腸炎併發的最常見的疾病，與直腸炎併發被稱為肛門管直腸炎，肛門管炎長期拖延也有惡化的危險。
缺鐵性貧血
便血是本病的主要臨牀表現之一，便血的多少也是衡量病情的重要指標。長期慢性出血可引起缺鐵性貧血。
