HPV病毒一般不會引起上呼吸道感染，但感染HPV的患者有口交性行為或母嬰傳播會引起上呼吸道感染。
HPV最主要的傳播途徑是通過性傳播，同性或異性性行為中的黏膜接觸均可造成感染，多發感染部分是宮頸、陰道和肛門等部位。需要特別注意的是，絕大多數口腔HPV感染可以追溯到口交行為。如果男性感染HPV病毒，在性生活中若有口交的行為，會對口腔黏膜造成損傷，進而引起上呼吸道感染。
除了性傳播之外，感染HPV病毒的孕婦在生產時由於子宮收縮，胎兒通過產道時就容易感染上母體所攜帶的HPV病毒，寶寶感染了HPV病毒最明顯的表現是皮損。通常HPV感染的寶寶免疫力都會比較低下，出現不同程度的上呼吸道感染，嚴重者可以導致肺炎等情況，所以女性在懷孕的時候，應當進行HPV病毒治療，避免傳染給新生兒。
