慢性扁桃體炎反覆發作，可以加強體育鍛煉，服用提高免疫力的藥物，若效果欠佳，則需行手術治療。
慢性扁桃體炎反覆發作與患者的免疫力低下有關，需要加強體育鍛煉，增強體質及抗病能力，減少發病機率。還可酌情服用增強免疫力的藥物，如玉屏風散、百令膠囊、胸腺肽腸溶膠囊等。通過應用這些藥物可以增強免疫力，防止扁桃體持續受到細菌或病毒感染。
若經過上述治療之後效果欠佳，慢性扁桃體炎仍然反覆發作，或者併發扁桃體周圍膿腫，導致扁桃體過度肥大，影響正常呼吸以及吞嚥，甚至引起其他臟器病變，比如心肌炎或者腎炎等，需要進行手術治療，常用的手術方式是低温等離子射頻消融術，温度較低，止血效果比較好，術後恢復較快。通過手術可以將病變的扁桃體切除，徹底杜絕扁桃體炎反覆發作。
