幾乎每個人的便便都是臭的，但如果排便太臭，臭不可聞，臭味瀰漫，就不正常了。造成這種情況的原因比較多，但最終導致糞便發臭的物質卻並不複雜，無非是胺類、吲哚、硫化氫和臭糞素等。它們主要來自腸道菌羣分解未消化吸收的食物成分，尤其是蛋白質或其他含硫物質等。凡是讓大腸中蛋白質或其他含硫物質明顯增加的因素，都可以導致糞便太臭。
1.飲食攝入高蛋白
我們每天攝入的魚、肉、蛋、奶、大豆等高蛋白食物，其中所含蛋白質總有一少部分無法被小腸消化吸收，於是進入大腸，並在大腸中被細菌分解利用(生理學稱之為“腐敗作用”)，併產生胺類、吲哚、硫化氫等臭味成分。如果你攝入高蛋白飲食，將會有大量未吸收的蛋白質進入大腸，腐敗作用“旺盛”，臭味開花。
要強調的是，來源於肉類、蛋類等食物的蛋白質含有更多的硫元素(含硫氨基酸)，其含量遠遠超過大豆製品，而硫元素在大腸細菌腐敗作用中會生成硫化氫，硫化氫其臭無比，所以如果攝入較多肉類或蛋類的話，便便更臭。
值得注意的是，大蒜、洋葱、蘿蔔等蔬菜雖然不是高蛋白食物，但也含有較多硫元素(硫化物)，在大腸菌羣作用下也會轉化成硫化氫，讓糞便臭上加臭。因此，素食有時並不能避免糞便過臭。
2.消化吸收不好
老年人、消化不良、胃酸缺乏等情況下，消化吸收能力減退，正常飲食攝入的蛋白質也有很多未能吸收，進入大腸在細菌腐敗作用下讓糞便更臭。
乳糖不耐受是另外一個常見原因，一部分人小腸缺乏乳糖酶，攝入奶類後無法消化其中的乳糖。一方面，乳糖進入大腸後被細菌發酵，產生氣體(屁很多)和臭味(不是惡臭);另一方面，也縮短奶類蛋白質在小腸內停留時間，使一些蛋白質及其消化產物來不及完全吸收，進入大腸在細菌腐敗作用下讓糞便更臭。
3.腸道疾病
細菌性腸炎(多伴有明顯腹瀉)時糞便往往有腥臭味;腸道克羅恩病(一種原因不明的腸道炎症性疾病)、潰瘍性結腸炎等疾病也會讓便便更臭，這一方面與食物無法正常消化吸收有關，另一方面也與腸道菌羣失調有關。
因為糞便中的臭味物質大多數是在腸道菌羣作用下產生的，所以腸道菌羣的種類如何，是腐敗作用(很臭或惡臭)強，還是發酵作用(不臭或酸臭)強，都與便便的氣味直接相關。
不論如何，從腸道菌羣平衡的角度，便便還是不要太臭才好。
