灰指甲的診斷主要根據臨牀表現和真菌學檢查，灰指甲的檢查最常用的是直接鏡檢和培養，直接鏡檢只能瞭解有無真菌的存在，培養則可以確定引發灰指甲的菌種。在進行各項檢查之前，灰指甲的標本採集尤為重要，採集過程不僅影響到檢查結果的準確度，還影響到醫生對灰指甲的診斷結果。所以，在採集標本的過程中一些注意事項大家一定要重視，
1.標本採集的方法
採集灰指甲的標本可以採用刀刮、剪刀剪、甲鑽鑽孔、快速擴孔鑽、手術等方法。
2.標本採集的部位及要求
不同真菌引起的灰指甲，標本採集的部位和要求也不一樣。遠端甲下型損害可以用刮匙、牙刀或者牙挺從遠端甲板下獲取甲下碎屑，或者剪下真菌感染的病甲組織，而不是直接獲取一碰就掉下來的小碎屑；近端甲下型標本的採集，需要先去除表面沒有病變的甲，再用甲鑽或者小刀小心地獲取深部有病變的甲屑，並且多取幾個部位的標本；全甲營養不良型灰指甲通常取較大的甲屑，或者全甲取下碾碎後方可進行檢查；甲溝炎則需要把甲根部的鱗屑和甲牀的膿汁都取一部分進行檢查。
3.採集標本應當注意的事項
採集標本之前應當先用75%酒精擦洗病甲，清除病甲表面的污染物和細菌，這樣獲取的標本才能更準確的反應檢查結果。如果實驗室離採集標本的位置較遠，應當用乾燥的消毒紙袋將取下病甲標本保存好。
