1、取卵造成的副損傷
①膀胱損傷，患者可出現血尿，通常通過留置尿管，進行膀胱清洗，達到止血的目的。
②偶爾穿刺腸管或盆腔內血管。
③卵巢出血:少數情況下穿刺的卵巢持續出血，有時需要腹部止血。
④盆腔感染
2、卵巢扭轉
促排卵治療導致多個卵泡生長，或取卵後形成多個黃體囊腫，使卵巢明顯增大，此時女性活動過度或改變姿勢過快時，卵巢扭轉。患者突然出現劇烈腹痛，伴有噁心、嘔吐，扭曲的卵巢不能立即復位，可能需要手術治療，嚴重時需要手術切除壞死卵巢。
3、多胎妊娠
由於多個胚胎移植到子宮，IVF技術引起的多胎妊娠率明顯高於自然妊娠，約為25-30%。多胎妊娠晚期流產和早產的風險顯著高於單胎妊娠，母親患妊娠期糖尿病、妊娠期高血壓病、發生難產和產後出血的風險顯著增加。因此，多胎妊娠對母兒都不利。現在很多IVF中心為了降低多胎妊娠率，開始減少移植胚胎數量，或者進行單胚胎移植。對於三胎或三胎以上妊娠者，必須進行減胎，而對於雙胎妊娠者，建議患者減胎。
4、宮外孕
一般人群宮外孕的發生率為1%-2、5%。IVF將胚胎移植到子宮內，但由於輸卵管傾斜因子對胚胎的影響，胚胎流入輸卵管內，在輸卵管內著床發育，引起異位妊娠。有時胚胎也會種植在宮頸等部位。因此，接受IVF治療不能防止異位妊娠的發生，相反接受IVF治療的女性異位妊娠的發生率比普通人高2%-4%。
5、卵巢過度刺激綜合徵
由於多個卵泡生長，體內因素髮生變化，血管內的液體洩漏到腹腔，甚至胸腔內，引起胸腹水。發生率約為10%。許多人症狀輕，腹脹、腹部不適、輕度噁心，可以不處理，但少數人出現嚴重腹脹、尿少、腹痛、納差，甚至出現胸悶、氣短等症狀，需要給予靜脈補液，住院治療。不足1%的人可能會出現血栓或腎衰竭。
