有人認為眼藥水開封后，只要沒過保質期就可以用，或將其放進冰箱，認為這樣能"保鮮"，這都是不正確的。
眼藥水製備時需滿足無菌、等滲、適當的酸鹼度等質量要求，開封后與外界空氣接觸，使用時還可能與眼瞼、眼睫毛接觸，這都可能汙染眼藥水，大大縮短保質期。因此，眼藥水開封后建議在一個月內用完，超過這個時間就不建議再用。
除了一些有特殊儲存溫度要求的眼藥水(如重組牛鹼性成纖維細胞生長因子滴眼液)要放置冰箱冷藏室儲存外，多數眼藥水只要密閉放在陰涼乾燥處儲存即可。有時將眼藥水放置冰箱儲存不僅不能"保鮮"，如果瓶蓋沒擰緊，其中的水分蒸發，還可能改變眼藥水的滲透壓，不利眼睛健康。需要在冰箱冷藏的眼藥水，放進去前應確保瓶蓋擰緊，最好用塑料袋紮緊後再放進去。
現在市面上已經有很多單劑量小包裝的眼藥水，可以避免出現上述問題。用眼藥水前應閱讀說明書，如果出現眼藥水顏色變化、渾濁、絮狀物等情況，不宜再用。
