治療小兒菌痢的首選藥，大致有如下幾種:
複方新諾明 主要優點是毒性小，療效高，副作用少，半衰期長，抗菌譜廣。用量:每千克體重每日25毫克，分兩次口服，宜安排在早晚飯後。服藥後要多給患兒喝些水。一個療程為3～7天，若需大劑量或長期服用，應加服適量碳酸氫鈉，以避免或減輕腎臟損害。早產兒、不足3個月的嬰兒、肝腎功能不良者及對磺胺過敏者均應禁用。此藥不可與乳酶生、促菌生、酵母片等助消化藥同服，以免降低後者的療效。
吡派酸 對革蘭陰性桿菌，如大腸桿菌、綠膿桿菌、變形桿菌、痢疾桿菌有較好的抗菌作用。與各種抗生素無交叉耐藥性。口服，兒童每日30毫克～40毫克/Kg，分3次。副作用:有時有噁心、嘔吐、食慾不振、便祕及腹瀉等胃腸道反應。個別患者可出現皮疹、藥物熱及瘙癢。
磷黴素鈣 是一種廣譜抗生素，與其他藥物沒有交叉耐藥性。用量:每千克體重每日50～100毫克，分3～4次口服。此藥不良反應較少，主要為胃腸道反應，如噁心、食慾差等。
慶大黴素 肌肉注射量為每千克體重每日3～4。5毫克，分3次注射。此藥可靜脈滴注，但療程宜控制在10天左右。目前臨床有人提議用其口服，觀察效果也很好。此藥常用量對腎臟、聽力無明顯影響，僅有少數患兒出現管型尿、蛋白尿等，國內統計發生率約為2%。
痢特靈 化學名叫呋喃唑酮。用量:每千克體重每日5～10毫克，分3次口服，療程5～7天。可與複方新諾明同服，以增強療效。此藥口服不易吸收，故毒性較低，僅有輕度噁心、頭暈等反應。
腸炎靈 為一種高效抗菌收斂藥。成人每次4粒，每日一次口服。小兒按年齡酌減。服藥期間尿液為紅色，停藥後即恢復正常。
值得注意的是，小兒菌痢初期不宜使用止瀉藥，如止瀉片、炭片、矽炭銀、鞣酸蛋白等。這是因為，菌痢患兒要通過排便，方能將腸道內的病菌及細菌毒素排出體外腹瀉有利於病體的恢復。若過早地使用止瀉藥，就很難將患兒體內的病菌及毒素排出體外，往往會使病情加重，病程延長。故菌痢患兒應多喝水，多排便，高燒者可給退熱劑或進行物理降溫，如酒精擦浴等。另外，小兒在腹瀉期間，宜少給糖水喝。因為糖在腸內容易發酵，反而會使腹瀉加重。
菌痢治療要徹底，不能以有無症狀作為停止治療的標準，應以腸道內病變是否癒合作為停藥的根據。因此，治療過程應反覆查大便及做大便培養。如果藥量不足、療程不夠長、治療不徹底，則可能轉變成慢性痢疾。因此，對於菌痢，要抓緊在急性期治療，以期完全治癒。
