肌腱水腫沒有最好的治療方法，要根據病情嚴重程度採取合適的方法治療。病情較輕可以通過休息、物理治療、藥物治療等方法改善症狀；病情嚴重者需進行手術治療。
如果是輕微的肌腱水腫，疼痛較輕，並沒有引起肌腱斷裂，可通過保守療法治療。患者需要多注意休息，儘量減少活動，以免對肌腱產生更加強烈的刺激，加重水腫症狀。還可進行紅外線或微波理療，這些方法可直接作用於區域性減輕區域性的炎症反應，促進症狀緩解。如有必要，可以口服活血化瘀的中成藥來治療，常用的有活血止痛膠囊、三七傷藥片、七釐散等。
部分人肌腱水腫的情況比較嚴重，區域性疼痛症狀較為明顯，需要及時到醫院進行檢查，明確是否存在肌腱斷裂。如果確診為肌腱斷裂，應儘早行手術治療。通過手術將斷裂的肌腱修復好，使其能重新連線在一起，儘量恢復肌腱的正常功能，術後還需要進行外固定，以免造成二次損傷。
