不能一直給寶寶服用益生菌，益生菌可以改變正常兒童的腸道菌群，也是有一定副作用。
益生菌具有雙向調節腸道菌群的功效，當出現消化不良、腹瀉或便祕等症狀時，可適當口服益生菌來調理腸胃，增加腸道內的有益菌，減少有害菌，以便緩解不良症狀，如常見的雙歧桿菌和乳酸菌等。但益生菌並不是需要常規補充的藥物，若長期服用，會改變正常兒童自身的腸道菌群，並且也有一定副作用。
在正常情況下，腸道菌群會維持相對穩定的狀態，如果這種平衡被打破，消化功能便會出現問題。雖然益生菌能調理腸道菌群，可若長時間服用，很有可能會抑制胃腸道功能發育，導致腸道菌群失衡，進而引起消化不良的問題。
