人體的腸道在不斷地蠕動，食物也不斷地被消化、吸收與排洩，腸道菌群也隨之進行細菌的增殖與排出。正常情況下，腸道菌群與人體一樣處在一個對機體有益的動態平衡中。
有些因素能夠引起正常範圍內的腸道菌群的變化，如年齡、飲食、季節、環境等。隨著年齡增長，嬰幼兒、成年人、老年人菌種比例也有一定差別，腸道菌群在人生的不同年齡段具有一定的演化過程，在成年期這段漫長的時間段裡，腸道菌群是非常穩定的，進入老年期後，有益菌雙歧桿菌的數量減少，有害性和腐敗性的細菌如大腸桿菌、梭狀芽胞桿菌的數量增多。
但長壽老人的糞便菌群中雙歧桿菌的數量，並不像一般老人一樣有明顯的下降。日常飲食也會影響腸道菌群的組成，如飲食過量或過少、食物中缺乏蛋白質，嬰幼兒時期沒有母乳餵養等都可使雙歧桿菌下降。天氣過於炎熱，空氣中的煙霧和有害氣體等都可以不同程度地影響腸道菌群。
腸道菌群的生理改變在一般情況下，仍然保持著與機體之間的生態平衡關係，但是有時在生理性改變的基礎上，再加上病理性因素的參與，就可能造成腸道菌群的數量與各菌種的比例發生較大幅度的變化，超出正常範圍並由此產生一系列的臨床表現，稱為腸道菌群失調。
