手足口病歸屬於中醫學“風溫”、“溼溫”、“時疫”等範圍，其病由於體會疫毒時邪，主症關鍵在肺、脾、心三髒。小兒脾常不夠，肺部柔嫩，易受損害。疫毒時邪由口鼻而入，內侵肺脾，衛表被遏，肺氣虛失宣，則見發燙、頭疼、乾咳、流鼻涕等；邪毒循經，蒸薰口角，由此可見口腔內部皰疹、口痛、食慾不佳、流囗水；邪熱蒸薰四肢，則手足發生皰疹；若毒熱內盛，氣營兩燔，則四肢屁股皰疹遍佈較密，病症深沉；若邪毒逆傳心包，凹陷厥陰，可發生壯熱、神昏、抽動等危像。
在中醫學教材中，對“手足口病”辯證分析僅有“邪犯肺脾”、“寒溼蒸盛”2個。王有鵬專家教授參考中國預防手足口病全新科研成果及古典風格參考文獻預防小兒傳染性疾病層面的有關記述，對小兒手足口病明確提出通用型和危重症型等二種新的證型，每一症型又分離出來數種證候。
一般症型共分成6種證候
邪犯肺衛 證候為發燙輕度或無發燙，微惡寒症，汗出受阻或無汗，或輕微咳嗽、流鼻涕，手足斑疹隱約或無斑疹，僅見咽喉部散在皰疹，咽喉痛，舌紅，苔白膩或薄黃，脈浮數。治法為辛涼透表，清熱去火。方藥以銀翹散加減法。
肺胃熱熾 證候為壯熱面赤，出出汗，口乾，手、足、口腔內部及屁股發生斑疹或皰疹，疹色淺紅質潤，皰液清澈，大便不通暢，舌紅，苔黃燥，脈數強有力。治法為辛寒清氣，洩熱祛毒。方藥為白虎星湯加減。
氣營兩燔 證候為壯熱面赤，心心煩擾，手、足、口腔內部及屁股由此可見很多斑疹或皰疹，疹色赤紫，斑疹中間可結合一片，皰疹液渾濁色紅，舌色紅絳，苔黃燥，脈數。治法為清營，散血，祛毒。方藥為化斑湯加減法。
寒溼交阻 證候為低燒波動，納呆，噁心想吐，反胃胃脘痛，皰疹顏色紫暗，遍佈較密，或成簇發生，皰液混濁，可伴隨發癢，舌色紅，苔黃黃膩或薄黃膩，脈滑數。治法為清熱利溼化濁，清熱去火。方藥為甘露消毒丹加減法。
肺胃積熱 證候為發燙輕度或無發燙，以口腔內部內皰疹為主導，潰破後產生潰爛，痛疼流囗水，不欲進餐。煩心口乾，想要飲冷，口燥脣乾，伸舌頭弄舌，便幹溲赤，舌尖紅，苔薄或薄黃，脈數。治法為淨心瀉脾，下火祛毒。方藥為導赤散和清熱解毒瀉脾散加減法。
肺胃陰傷 證候為疹降燒淨，喉幹口燥，乾咳少痰，血痰難受，食滯納呆，手足心熱，舌紅少苔或無苔，脈虛數。治法為養陰清肺，和胃降逆。方藥為清燥救肺湯和沙蔘麥冬湯加減法。${FDPageBreak}
危重症症型可分成二種證候
邪陷厥陰 證候為高燒沒退，心煩燥擾，突然暈厥，手足抽動，甚則神昏譫語，舌色絳而幹，或舌焦起刺，脈沉而數。治法為清熱解毒通竅，通瘀解痙。方藥為羚角鉤藤湯和牛黃安宮丸加減法。與此同時應送服紫雪丹、至寶丹。
心陽虛衰 證候為忽然面色蒼白而青，嘴脣變紫，吸氣淺促，額汗不溫，四肢厥冷，虛煩躁動不安，舌苔白厚滑，脈微欲絕。治法為回陽救逆，益氣固脫。方藥為參附龍牡救逆湯加減。
在以上中醫學分析醫治的與此同時，王有鵬還提議同歩選用中醫學外治法。
漱口清潔方 金銀花茶、板藍根沖劑、蓮翹各5克，黃芩3克，煎水漱口清潔。假如痛疼偏重或牙齦腫痛，可以用板藍根沖劑10克，柴胡、白蘚皮各5克，金銀花茶、竹子葉、香薄荷各3克，煎水含漱。
外洗方 手足腫脹顯著，可以用柴胡、黃芩、丹皮各10克，紅花6克，煎水浸泡。假如覺得發癢，可以用生地黃、丹皮、板藍根沖劑、白蘚皮、地膚子各10克，忍冬藤20克，紅花6克，煎水清理患部，每日3次並用1周。
外用方 西瓜霜、冰硼散、珠黃散、雙料喉風散、華素片隨意選擇一種，塗擦患部，每日2次。金黃散、青黛散、賽金化毒散隨意選擇一種加純淨水均勻，以消毒殺菌棉球塗覆，如潰破者，以食用油調成粘稠外用。
