醫生一般會行腸鏡檢查等，根據結果行相關治療普外科主要是針對如闌尾炎，或者腸道內長有腫物，需要行手術治療等疾病腫瘤科一般是針對已經明確腸道內長有腫瘤，或者是腫瘤術後化療及複診等疾病。如果腸道疾病是屬於良性的腫瘤，包括息肉病，則也是需要就診消化內科，需要行電子腸鏡下息肉電凝電切除術，具體的需要諮詢專科醫生。腸道疾病掛肛腸科，還可以去消化內科，通過腸鏡檢查，腸道內是否患有疾病，腸炎或者是腸道內有腫瘤，都會導致腸道菌羣失調，或者是大便不成形，顏色發黑等症狀。
十二指腸潰瘍以良性潰瘍最多，因幽門螺桿菌感染，口服阿司匹林、氯吡格雷、激素等藥物，進食辛辣刺激食物、大量的飲酒、吸菸、精神緊張等各種誘因導致十二指腸潰瘍發生，主要表現上腹部疼痛、腹脹、夜間痛，空腹痛比較明顯，會伴有噁心、嘔吐、食慾減退等表現。因此，對於潰瘍性結腸炎，應積極治療控制病情，目前的治療可使用5-氨基水楊酸類製劑，例如柳氮磺吡啶、奧沙拉秦、美沙拉嗪。十二指腸潰瘍是屬於慢性的疾病，是否嚴重要根據是否合併有併發症以及是否反覆出現不適症狀而評估。
對於腹痛嚴重，上述治療無效患者，且精神症狀明顯者可給予抗抑鬱的藥物，最後應給予腸道微生態製劑，例如雙歧桿菌、乳酸桿菌、乳酸菌等，可以糾正腸道菌羣失調，對於腹瀉、腹脹有一定的療效。腸道出現紊亂最常見的藥物是服用益生菌類藥物，可以調節腸道內的菌羣，幫助腸道得到一個很好的恢復，常用的益生菌類藥物有金雙歧、整腸生、雙歧桿菌三聯活菌膠囊。腸道失調可以吃嗎丁啉、谷維素、蒙脫石散、乳果糖等藥物治療。
