世界上的一切都有優缺點。抗菌藥物，特別是抗生素，在臨牀應用後，大大降低了許多傳染病的死亡率；但它也帶來了不良反應，嚴重的病例可能會導致殘疾或死亡。在實際應用抗菌藥物時，人們往往只注意其治療效果，不注意不良反應，導致治療失敗。
抗菌藥物的不良反應主要表現在以下幾個方面：
毒性反應
指抗菌藥物引起的生理、生化異常和組織器官的病理變化，其嚴重程度一般隨着劑量的增加和療程的延長而增加，主要是可逆反應。毒性反應是最常見的不良反應之一，主要表現在腎臟、神經系統、肝臟、血液、胃腸道、局部給藥等。一般來說，氨基苷、多粘菌素、萬古黴素、青黴素和頭孢菌素很容易產生多系統的毒性反應。
變態反應
幾乎每種抗菌藥物都會引起一些異常反應，最嚴重的是過敏性休克，主要是由青黴素引起的；最常見的是皮疹，可引起各種抗生素；青黴素和頭孢黴素常見於發熱、關節痛和蕁麻疹；萬古黴素可引起紅色綜合徵。此外，還有藥物熱、光敏反應等。
二重感染
指抗菌藥物使用過程中的新感染。這是由於長期大量使用廣譜抗生素後，敏感菌羣受到抑制，未受到抑制的菌羣乘機大量繁殖造成的。由於原發病率和（或）原發感染，二重感染的病原體往往對各種抗菌藥物具有耐藥性。二重感染往往難以控制，死亡率高。
醫務人員必須做到：①嚴格執行皮試常規，認真查詢既往史，包括既往用藥史、家族史、藥物過敏史等；②在使用任何抗菌藥物之前，應充分了解其可能的反應和預防措施；③謹慎使用毒性強的抗生素，聯合用藥時要警惕毒性協同作用；④避免長期大劑量使用抗生素，特別是廣譜抗生素；⑤應立即採取相應的搶救和治療措施。患者應在醫務人員的指導下使用，避免隨意服用。
