奶瓶刷和奶瓶的消毒工作一樣重要，就好像毛巾一樣，用久了會積聚細菌，如果一直襬在不通風的地方，毛巾上的細菌只會越來越多，奶瓶刷也一樣。用完奶瓶刷之後要晾乾，或者放在太陽底下曬一曬。奶瓶刷消毒方法，可以用熱水泡一泡，然後風乾，保持其乾爽，最後用太陽光殺殺菌最好，沒有太陽光就自然風乾，放在陰涼處乾爽的地方。
新買的奶瓶刷，用熱水泡一泡，或者用一些專用的清潔劑清洗後再放入熱水中消毒。當奶瓶刷出現硅膠斷裂或者變粘之後，就不要使用了。用熱水泡的時候需要注意，最好放在熱水中泡30秒左右，不要一整個奶瓶刷扔進去，可以用鉗子鉗住奶瓶刷的手柄，小心不要傷到手。需要注意的是，一般奶瓶刷可承受的溫度在120℃，用沸水消毒也不用擔心。
