系統彩超是排畸檢查的一個重要手段，通常在懷孕18-24周內進行檢查。
在進行系統彩超檢查時，會利用高分辨率的彩色多普勒血流顯像儀，對胎兒全身進行系統的檢查。檢查內容包括胎兒的脊椎、頭顱、顏面部、心臟、腹部、肢體等部位，爲判斷胎兒是否有發育畸形問題提供科學依據。一般在懷孕24-28周之間是系統彩超檢查的最佳時間，因此時胎兒各項組織器官已經發育完善，胎兒大小適中，進行系統彩超檢查受骨骼回聲影響較小。在此期間羊水量適中，超聲診斷圖像清晰，所以檢查結果會更準確一些。
如未到24周就進行系統彩超檢查，胎兒各個臟器還未還未發育完全，會漏檢未知的畸形。如超過28周進行檢查，胎兒較大，一旦檢查中發現胎兒發育畸形，引產難度較大，對母體的傷害也較大。
