臨牀上並不是所有的包皮過長患者都適宜進行或者可以進行包皮環切手術治療。除了有明確出凝血障礙的患者外，許多外生殖器畸形的患者都伴有包皮過長的問題，但絕不能輕易手術切除。
先天性陰莖下彎
先天性陰莖下彎伴發於先天性尿道下裂，但也可以單獨發生，又被稱爲先天性短尿道，對其修復時需要包皮作爲尿道的替代材料或修復陰莖創面的材料，因此絕不能貿然切除包皮。
先天性尿道下裂
先天性尿道下裂是尿道發育的缺陷畸形，絕大多數伴有包皮過長，包皮往往像頭巾一樣覆蓋在陰莖頭的背側，而腹側則缺少繫帶及陰莖皮膚。陰莖頭型的尿道下裂還可伴發包莖。在尿道下裂的修復中，常需要包皮作爲尿道的替補材料，如果貿然切除將爲以後的尿道修補帶來很多麻煩。
隱匿陰莖
幾乎全部的隱匿陰莖從外觀上看來包皮都是相對過長的，並且形成包莖，但這種包皮過長只是相對的假象，其原因是陰莖不能正常顯露。其實隱匿陰莖不僅包皮不長，而且在顯露異常得以矯正後均會出現陰莖皮膚的缺乏，故萬不可將“多餘”的包皮切除，如貿然切除將導致陰莖皮膚缺如的嚴重後果。
