非淋菌性尿道炎是完全可以治癒的，但是應得到正規的治療。應針對病原體治療，如條件不允許，用廣譜抗生素治療。Gopla在臨牀中發現，由於抗藥性，廣譜抗生素治療效果越來越低。
應遵循及時量，規則用藥的原則，根據不同病情選用相應的抗生素治療。磺胺、利福平對衣原體有效，對支原體無效。慶大黴素、新黴素、多粘菌素對衣原體無效。鏈黴素、壯觀黴素對衣原體無效，對支原體有效。孕婦及兒童不宜用四環素、強力黴素、喹諾酮類藥物，可選用紅黴素。如屬淋病和非淋菌性尿道炎雙重感染者，則先採用青黴素、淋必治等治療。
目前對四環素、強力黴素、紅黴素已有不少菌株產生耐藥。新一代合成抗菌藥喹諾酮類，不但對衣原體、支原體有效，對淋球菌也高度敏感。總之，治療非淋菌性尿道炎以四環素、紅黴素族藥物爲主，阿奇黴素、美滿黴素是近年來常用的治療本病的藥物，它們的療效較四環素高，有效率約百分之九十以上。全國各地在治療本病時，均有不同的經驗。內服藥物治療時，同時應局部外用"潔爾陰"或"皮膚康"洗劑等中藥清洗，按時服藥，以免出現併發症。
非淋重在調養。治療時要避免焦急、過多疲勞，注意充足睡眠，忌菸酒和辛辣食物。本病治療時所需的療程較長，最需要耐心。如果治療效果不佳，就要查明原因。如果是因爲耐藥性造成的，則要更換另外一種藥物治療。如果性伴侶也有同樣的病，而且沒有進行治療，則療效也不好。
