藥物在慢性前列腺炎患者的治療中有很廣泛的應用，目前常用的藥物包括抗生素、α-受體阻滯劑、植物製劑和非甾體抗炎鎮痛藥等，可根據患者自身的情況進行選擇。
（1）抗生素：慢性細菌性前列腺炎根據細菌培養結果和藥物穿透前列腺的能力選擇抗生素，慢性非細菌性前列腺炎抗生素治療大多爲經驗性治療。
（2）α-受體阻滯劑：α-受體阻滯劑能鬆弛前列腺和膀胱等部位的平滑肌而改善下尿路症狀和疼痛。
（3）植物製劑：植物製劑主要指花粉類製劑與植物提取物，具有非特異性抗炎、抗水腫、促進膀胱逼尿肌收縮與尿道平滑肌鬆弛等作用。
（4）非甾體抗炎鎮痛藥：非甾體抗炎鎮痛藥是治療Ⅲ型前列腺炎相關症狀的經驗性用藥，其主要目的是緩解疼痛和不適。
（5）M-受體阻滯劑：適用於尿急、尿頻和夜尿但無尿路梗阻的前列腺炎患者。
（6）抗抑鬱藥及抗焦慮藥：適用於合併抑鬱、焦慮等心境障礙的慢性前列腺炎患者，既可以改善患者心境障礙症狀，還可緩解排尿異常與疼痛等軀體症狀。
