一般情況下，由於引起精子畸形的原因較多，因此治療精子畸形需要對症下藥。可以通過生活調理、藥物治療、手術方式進行治療。
1、生活調理：可以多吃一些有助於補腎的食療。幫助補腎，強身健體。長期抽菸，過量飲酒，以及熬夜等也會導致精子畸形，因此一定要養成良好的生活作息習慣，定時吃飯和睡覺，保證充足的睡眠和營養，適量飲酒，同時加強體育鍛煉，有助於治療精子畸形。還要遠離放射性以及重污染的環境。
2、藥物治療：可以在醫生指導下使用左卡尼汀口服溶液、五子衍宗丸等藥物。
3、手術治療：對於一些先天性發育不全，內分泌異常的，需要通過精索內靜脈結紮術、精索靜脈高位微創術等手術的方式進行治療，給與內分泌功能調整。從而恢復精子的活力和數量以及狀態。
