衣原體感染主要分成三種，分別是沙眼、泌尿生殖道感染以及新生兒衣原體感染，幷包括鸚鵡熱衣原體感染，在治療上也應對症治療。
一、沙眼
結膜炎衣原體感染，在醫學上被稱爲副沙眼。
二、泌尿生殖道感染
一般是通過性傳播，有子宮內膜炎、輸卵管炎、附睾炎、前列腺炎、子宮頸炎，又或者是非淋菌性尿道炎。所引起的生殖道炎症和不孕症有着直接關係，而且還可能會導致特賴氏綜合症。
三、新生兒衣原體感染
也可能會有女嬰陰道炎、中耳炎、鼻炎，又或者是肺炎，還有一種比較罕見的就是花柳性淋巴肉芽腫衣原體感染，也是通過性傳播所導致。
四、鸚鵡熱衣原體感染
這是一種人鳥都可能會感染的衣原體，在醫學上出現機率比較高，而一旦在出現之後，傳染的機率超過於一般的感染現象。
