蛋白質在消化道的胃部位開始被消化，形成多肽鏈，進入小腸後被最終分解成氨基酸。
蛋白質的消化始於胃部。當蛋白質進入胃，經過胃液的作用進行初步消化，再進入小腸。小腸內的胰液和小腸液中都含有能夠分解蛋白質的酵素。在這些酵素的作用下，蛋白質再被分解爲氨基酸。蛋白質的完全消化和吸收都是在小腸中進行的。小腸內有胰腺分泌的胰蛋白酶、胰糜蛋白酶以及小腸分泌的氨基肽酶、二肽酶等，多種方式分步驟的進行將多肽鏈水解爲氨基酸。
蛋白質的消化過程需要有良好的機體和正常的胃腸道功能，如果脾胃功能下降，消化液的分泌也會減少，造成蛋白質的消化吸收出現問題，可以在專業醫師的指導下通過按摩的方式緩解，多揉足三裏穴改善胃腸功能。
出現消化不良時需及時就醫，明確病因，進行鍼對性的治療。要保持良好的生活習慣，不要熬夜，避免吃一些辛辣刺激性的食物。
