丙型肝炎通常被稱為沉默的疾病。由於肝臟的巨大代償能力，大多數人在感染丙型肝炎病毒後沒有任何症狀，只有在偶然體驗時才會發現，或者多年後出現不適症狀時才會發現。
感染丙肝病毒後1～3周，在外周血可檢測到HCV RNA。3個月後約90%的患者抵抗HCV陽轉。丙型肝炎病毒血症持續6個月未清除的人是慢性感染，丙型肝炎的慢性化率達到85%左右。感染20年後，中年人肝硬化發生率為20%~30%的乙型肝炎病毒感染、嗜酒(50g/d以上)、非酒精性脂肪肝、肝高速鐵路載重量、吸蟲感染、肝毒性藥物和環境污染引起的有毒物質等也促進了疾病的發展。
發展為肝硬化後，10年的生存率約為80%，如果出現失去代價，10年的生存率僅為25%。肝細胞癌的年發生率為1%~7%。
