一般情況下，克羅恩病須與眾多炎症類疾病與其他疾病相鑑別。具體如下：
需要鑑別的疾病主要包括闌尾炎、腸繫膜淋巴結炎、腹腔結核、腸道惡性腫瘤、放射性腸炎、白塞氏病、潰瘍性結腸炎、非肉芽腫性潰瘍性空腸迴腸炎、缺血性腸病、阿米巴腸炎、盆腔炎等。其中尤其要強調的是腸結核、腸道淋巴瘤與克羅恩病之間的鑑別診斷。由於前兩種疾病在臨牀上亦容易誤診，且治療上與克羅恩病相悖，一旦誤診誤治，不但延誤治療時機，還會使病情加重，產生無法挽回的嚴重後果。
每個克羅恩病患者在沒有明確診斷之前均應常規進行結核的排查。檢查方法除臨牀醫師對疾病的判斷外，還應進行胸部X線檢查及一系列實驗室檢查，包括結核菌素實驗，結核分枝桿菌聚合酶鏈反應（TB-PCR），以及結核感染T細胞斑點實驗（T-SPOT實驗）等。腸道淋巴瘤與克羅恩病的鑑別主要依賴病理檢查，包括內鏡活檢或手術切除標本的病理檢查，免疫組化染色能夠明確分型，為化療方案的制定提供參考。克羅恩病的最終診斷離不開病理，典型的病理改變為慢性局灶性炎和斑片狀炎症、不規則的隱窩及非乾酪樣肉芽腫形成。但由於內鏡活檢標本量和取材範圍的限制，很多情況下得不到典型的病理標本，因而病理結果只能報告為慢性炎症。
