脣齶裂屬於先天性缺陷。脣齶裂雖然沒有明確的發病原因，但卻是在胚胎髮育過程中形成的，屬於先天性發育畸形。
脣齶裂是口腔頜面部比較常見的一種先天性畸形。在正常情況下，胎兒從第5周開始便會有胚胎突起逐漸融合，形成面部組織，如果這個過程中沒有正常發育，便會出現畸形，其中比較常見的就是脣部畸形。主要表現為口脣沒有長好，情況較輕者是口脣人中處裂開，稍重者則會開裂到牙槽骨部位，比較嚴重的脣齶裂會合並上牙膛開裂。
先天性脣齶裂發病原因並不完全清楚，通常認為是妊娠期食物中營養缺乏、內分泌異常或者病毒感染造成的，也不排除是遺傳因素所致。有調查研究顯示，25%~35%的脣齶裂患者都有家族史，而且一級親屬，即父母、子女以及父母的兄弟姐妹的發病率比普通的人高出了至少40倍。
