在根據病原學檢驗結果選擇了適當的種類與劑量後，合理的使用是有效治療前列腺炎的關鍵。
足夠的劑量與療程
選擇確定了抗菌藥物之後，治療過程中必須給予足夠的劑量與療程，絕不可因爲該藥可能存在的毒性或副作用、生活工作情況等而隨意減少用量或縮短療程。藥物的不規範使用不但不能有效治療前列腺炎，而且還可由此導致病原體耐藥性的形成、細菌細胞壁缺陷變異及感染的擴散。
聯合用藥
抗菌藥物的聯合使用不但有利於減少或避免細菌耐藥性的形成，而且也有利於減少或避免藥物對人體毒性或副作用的形成。尤其對於具有多種或大量病原體感染、易形成耐藥性菌株感染、易發生細胞壁缺陷變異菌株感染或多重耐藥性菌株感染的患者，通常要考慮聯合使用兩種或以上抗菌藥物。
停藥後複查
一個療程完成之後，無論症狀是否緩解都必須停藥且進行病原學檢查。如果引起炎症的病原體對所使用的抗菌藥都是敏感的菌株，在此一個療程的治療中將會全部被殺滅，因此沒有必要再繼續使用抗菌藥，但如果經治療後仍有病原體存在，那麼這些殘留的病原體通常是對所用抗菌藥具有耐藥性的菌株，此時應更換治療方案。
