由於其內分泌的週期性變化，婦女的生殖系統甚至全身各器官都發生了週期性變化。這些週期性變化的代表性表現是月經和白帶，它們是按照一定的週期性規律出現的。有些人將婦女的生理特徵總結爲月經、帶、胎兒、分娩、牛奶，即月經、白帶、懷孕、分娩、哺乳。隨着婦女的這些生理變化，其固有的注意力也在婦女的藥物治療中產生。
月經和皮帶是每個女性的生理特徵，在婦科疾病中，月經和皮帶紊亂是最常見的疾病。因此，女性使用更多的藥物也是止帶調經藥。在這類藥物中，西醫主要通過調節人體內分泌來治療疾病，使用的藥物大多是性激素；中藥也有許多中藥，原理也不同。治療月經不調、白帶異常的中西藥很多，日常用藥中有很多中西藥可以影響女性的月經和皮帶。因此，必須考慮其對女性生理週期的影響，這已成爲女性用藥的特點之一。
氯丙嗪、奮乃靜等抗精神病藥物，以及長期避孕針、口服避孕藥物，可影響婦女正常月經，常引起閉經；氯丙嗪還可引起泌乳、乳腺增大等副作用；婦女在月經期間使用硫酸鎂或番瀉葉等中西瀉藥，容易引起盆腔充血，導致月經過多；月經期間服用大量維生素C或黑梅等酸性中西藥，可使月經少，月經不良，甚至引起痛經。在中草藥中，有許多促進血液循環和消除血瘀的藥物。婦女在月經期間使用會導致月經淋漓，甚至導致血液崩潰；西醫中有許多抗凝劑和促凝劑。月經期間使用也會引起月經紊亂。在中草藥中，有許多促進血液循環和消除血瘀的藥物，婦女在月經期間使用會導致月經滴落，甚至導致血液崩潰；西醫中有許多抗凝血藥物和促凝血藥物，在月經期間使用也會導致月經紊亂。由於月經過多或過少會影響婦女的正常生理功能，月經過多會導致貧血，月經過少或月經週期紊亂會導致婦女的妊娠和分娩功能異常，因此，婦女在使用藥物時，必須考慮藥物對月經的影響。
婦女生殖器官結構的特殊性使得陰道炎等感染在婦科疾病中也非常常見。陰道滴蟲病已被證實可以通過性傳播疾病接觸感染，因此該疾病已被歸類爲人類傳播疾病。爲了治癒疾病，婦女不僅需要藥物治療，還需要性伴侶同時治療，這已成爲婦女藥物治療的特點之一。
婦女在懷孕、分娩前後和哺乳期的用藥變得更加複雜。不僅因爲此時婦女自身的器官功能、物質代謝發生了巨大的變化，更重要的是，目前婦女藥物往往會直接或間接影響胎兒、乳房，這無疑成爲婦女藥物的特點之一，即孕產婦、哺乳婦女，首先考慮原藥物治療、毒副作用和禁忌症，其次考慮婦女生理功能的變化和對藥物作用的影響，第三，要考慮藥物對胎兒和乳兒的影響。
