1、正頜手術具有一定的風險性和不可預測性，可能會出現危及生命的嚴重併發症。
2、由於各人審美觀不同，醫生身體條件差異和現行醫療技術有限，手術效果不一定能滿足醫生的要求，也有可能出現不理想或併發症的手術非常成功的情況下，患者和家不被認可，因此患者和家人在手術前與醫生充分溝通，對正頜手術的效果保持清晰的認識。四川大學華西口腔醫院口腔頜面外科羅恩
3、正頜手術通常通過口內渠道進行，但部分病例和特殊情況必須通過臉部切口進行。手術部位會留有瘢痕，瘢痕大小與患者本人體質有關，多數患者的瘢痕增生會在一年左右減輕，但個別患者有嚴重瘢痕疙瘩形成的風險，且難以消退。
4、術後有手術部位腫脹、不適等情況出現、有一定的恢復期，根據個人年齡、體質、手術部位和類型的不同而恢復時間長短不一樣(一般情況1-3月，個別可達1年以上)。
5、人體面部兩側並不完全對稱，因此手術也不可能使兩側達到完全一致。
6、手術是一種創傷性治療手段，具有風險，一般安全，但由於手術方式和個人差異等多種因素的影響，手術中和手術後可能會發生意外情況和併發症，如出血、感染、意外骨折、附近器官和軟組織損傷等。
7、正頜手術需要切斷頜骨並在正常的位置重新固定。固定需要鈦板鈦釘，少數人可能有術後排異反應、感染和斷裂等風險，需要取出或重新手術。
8、術中存在面部神經、下頜關節、着名血管等重要組織器官損傷的風險，術後可能出現擡不起眉頭、閉不上眼睛、鼻脣溝變淺、眼眶區和嘴脣皮膚麻木、面部不對稱、咬合、語言功能障礙等症狀。輕者在3~6個月內自行恢復，重者需要進一步進行相關治療，甚至可能無法完全恢復。
9、上頜手術可能會改變鼻部軟硬組織結構，導致鼻中隔偏曲、鼻翼變寬、鼻高改變等，必要時需再次手術矯正。
10、正頜手術可改變臉部骨骼結構，軟組織也相應改變。但是，這些術後容貌的變化不一定符合患者和家人術前的期待和要求，術後整形效果有逐漸接受和適應的過程。
