研究發現育齡期女性長期口服避孕藥可增加罹患紅斑狼瘡的風險，已經患此病的女性口服避孕藥可能會誘發狼瘡活動。口服避孕藥還可增加抗磷脂抗體、抗核抗體陽性的紅斑狼瘡患者發生血栓栓塞性疾病的風險，尤其是含雌激素的避孕藥，因此紅斑狼瘡女性應謹慎使用口服避孕藥。
紅斑狼瘡好發生於青春期和育齡期女性，故推測發病可能與性激素水平有關。美國一項全國性研究(SELENA)評估了雌激素在紅斑狼瘡患者中的安全性，研究發現口服含低劑量雌激素的避孕藥並未增加嚴重狼瘡活動，但SELENA的試驗結果並不意味着所有紅斑狼瘡女性均可使用口服避孕藥。病情不穩定、處於抗磷脂抗體所致高凝狀態、伴腎病綜合徵或既往有血栓形成史的女性，禁止長期使用口服避孕藥。
長期口服單一孕激素的避孕藥對紅斑狼瘡活動沒有不良影響，但可增加骨質疏鬆的發生風險。如Depo-progesterone是一種長效孕酮，每3個月注射1次，簡單方便，避孕效果確切，因其具有增加骨質疏鬆的風險，美國食品與藥品監督管理局建議使用該藥不應超過2年。如果想長期使用，就必需堅持每年做1～2次骨密度檢查以監測是否有骨量減少，並適當補充維生素D和鈣劑。
