治療膕窩囊腫需注重日常鍛鍊時間安排，結合損傷部位及年齡，選擇鍛鍊和固定結合治療，可控制病情發展，減少後遺症。 康復訓練需結合年齡、損傷部位、安排鍛鍊時間和數量。隨損傷逐漸癒合，可適當選擇局部鍛鍊，負荷量和持續時間可逐漸增加。 術前術後需注重肢體功能恢復，一體化功能康復，術前積極治療原發性疾病，手術時消除復發因素，術後需促進功能鍛鍊，同時治療原發性疾病。形成緊密銜接康復鏈，效果較好，可促進病情恢復，減少後遺症。
