藥物流產的應用於臨牀已有十多年的歷史，不良反應在近年逐漸反應出來，容易導致女性不孕，原因如下：
1、藥物流產終止早期妊娠效果是肯定的，成功率是對用藥後其孕囊是否完全排出而言， 藥物流產時蛻膜從宮腔內排出需要較長時間，一方面陰道流血時間增加感染機會，另一方面脫膜殘留在宮腔增加了組織碎屑阻塞輸卵管的機會。有很多輸卵管感染可無明顯症狀，盆腔檢查也大都正常，易漏診而治療不及時，使輸卵管發生慢性炎症造成阻塞引起不孕。
2、對藥物流產後子宮刮出物進行組織學檢查，發現有80%伴有不同程度的炎症細胞浸潤，提示子宮出血時間長，可能誘發子宮內膜炎，藥流後繼發不孕的主要原因是輸卵管梗阻，造成輸卵管堵塞的原因是炎症，而炎症的發生又與流產的併發症密切相關。
3、藥物流產後陰道出血時間過長或組織殘留宮腔感染;藥物流產前生殖道已有炎症，特別是支原體、衣原體感染，導致輸卵管黏膜的炎症、粘連或周圍瘢痕組織的牽拉屈曲改道或閉塞，表現爲輸卵管通暢障礙和蠕動機能紊亂，以至於輸卵管梗阻，使卵子與精子無法會合而引起不孕。
