一般情況下，沒有去除扁平疣沒有最好的方法這一說法，需根據個人情況進行選擇。患者可採取藥物治療、物理療法等方法進行治療。
1.藥物治療：扁平疣是由人乳頭瘤病毒感染所致，多數情況下都可以應用藥物治療，可選擇局部外用藥物，如硝酸軟膏、維A痠軟膏、咪喹莫特軟膏等。這些藥物能起到促進疣體剝脫的作用，儘快緩解症狀。部分扁平疣會反覆發作，與個人身體免疫力低下有關，可以在醫生指導下使用免疫調節劑，如注射用胸腺五肽、鹽酸左旋咪唑片、卡介菌多糖核酸注射液等。這些藥物能夠提高身體抵抗力和免疫力，減少扁平疣的複發率，
2.物理療法：去除扁平疣也可以在醫生的指導下采取物理療法，常用的是冷凍治療、電灼治療、激光治療等。冷凍治療是利用液體氮來破壞疣體，使用體發生壞死和脫落，需多次重複治療。電灼治療是在距離皮膚1~2毫米的位置利用有效電極釋放電火花，灼毀疣體。激光治療常用的是二氧化碳激光，雖然能去除疣體，但有可能會導致疼痛或留下疤痕。
