1.禁慾3～7天，精液常規分析3次以上，精子密度低於2000萬而查不出任何病因者，可考慮爲特發性少精子症。當精子密度≤l× 10/mL時，可診斷爲嚴重少精子症。
2.通過詢問病史，體格檢查及其他實驗室輔助檢查 (遺傳學檢查、內分泌激素測定、微生物學檢查、抗精子抗體、微量元素測定等)大多能發現引起少精子症的病因。精液分析少精子並同時伴有引起少精子的疾病病因時，可診斷爲繼發性少精子症。
3.根據病史和體格檢查可以初步確定是否存在隱睾和精索靜脈曲張。
4.根據有尿頻、尿急、尿痛以及尿道燒灼樣感以及尿道外口膿性分泌物、尿液檢查膿細胞增多，前列腺液檢查白細胞大於10/HP以及尿培養等可確定有生殖系統炎症。
5.免疫學檢查可以確定是否存在自身免疫、染色體核型分析可確定是否存在染色體異常。測定血清FSH、LH、T、PRL也是少精子症檢查的重要方法，若FSH、LH低於正常，爲繼發性少精子症，PRL升高爲高泌乳素血癥引起的少精子症。
6.另外有些少精症原因不明，稱爲特發性少精子症。
