尖銳溼疣的初期，患者往往沒有不適的感，不能引起患者的足夠重視。但如果治療不及時，可引起以下併發症：
(1)潰瘍、出血：皮損增大、增多後，可引起局部的異物和不適感。由於發病的部位多在包皮內、尿道口、陰脣、陰道內．肛周等，這些部位容易受微生物感染，導致病變部位的潰瘍，化膿、出血、疼痛和腫脹。
(2)傳染嬰兒，影響生育質量：患尖銳溼疣的孕婦，在分娩時，通過產道的嬰兒可能被傳染，引起嬰幼兒的HPV感染。
(3)非生殖器部位的感染：通過直接接觸或被污染的物品的間接接觸，可以導致眼結膜的乳頭狀瘤和口腔黏膜的乳頭狀瘤。
(4) 癌變：惡性腫瘤是尖銳溼疣最嚴重的併發症。HPV-16，18型感染後，如果治療不及時，5%-10%的外陰、宮頸、肛周溼疣經過較長時期後可出現癌變，在將來很可能導致陰莖癌、宮頸癌等惡性腫瘤。早期徹底治療是預防尖銳溼疣癌變的最有效方法。
