中醫治療甲狀腺炎需辨證論治，發病初期使用疏風清熱類中藥治療；病情中期，可應用清瀉肝膽溼熱中藥治療；後期可應用健脾補腎中藥治療。
1、疏風清熱類中藥
發病初期有惡寒、發熱及頸肩疼痛等症狀，中醫辨證爲風熱犯肺所致。所以可適當應用具有疏風清熱效果中藥治療。
2、清瀉肝膽溼熱中藥
中期會出現頸前疼痛、耳部疼痛、口苦咽乾及情緒急躁易怒的症狀，中醫辨證爲肝膽火盛。可使用能夠清瀉肝膽溼熱的中藥或中成藥治療。
3、健脾補腎中藥
甲狀腺炎後期會出現神疲乏力、倦怠及胃寒等症狀，中醫辨證爲脾腎陽虛，需應用健脾補腎中藥治療。
