2009年的新型H1N1流感、季節性流感、H5N1禽流感、H7N9禽流感疫情的“元兇”，都是流感病毒，它們引起人感染病歷的臨牀表現還是有明顯差異的。首先是潛伏期的長短有差異。人流感的潛伏期較短，平均爲2～3天，人感染H5N1禽流感病毒的潛伏期平均2～5天，而人感染H7N9禽流感病毒的平均潛伏期爲5天。
儘管人流感和人感染禽流感在發病初期的臨牀表現十分相似：突然起病，高熱，體溫可達39～40℃，可有畏寒、寒戰，多伴頭痛、全身肌肉關節痠痛、極度乏力、食慾減退等全身症狀。隨後出現咳嗽、咽痛，嚴重者併發肺炎和呼吸衰竭。但是，人流感臨牀症狀較輕，主要表現爲上呼吸道感染，除少數重症病例外，大多數人感染後在1～2周內自愈。
少數嬰幼兒、老年人和免疫功能低下的慢性病患者可能發展爲肺炎或出現其他併發症，成爲流感重症病例。但2009年新型甲型H1N1流感流行的初期，一些沒有基礎疾病的青壯年、肥胖人羣和妊娠婦女等人羣中也可發生嚴重的病毒性肺炎。
人感染禽流感病毒臨牀症狀較重，上呼吸道感染的症狀常不明顯，病毒似乎更愛鑽進人的下呼吸道搞破壞，幾乎所有人感染H5N1和H7N9禽流感的病例都有肺炎的表現，病情發展迅速，常導致嚴重的呼吸窘迫綜合徵、肺出血、胸腔積液、全血細胞減少、多臟器功能衰竭、休克等多種併發症，病死率高。有研究認爲，這可能與人細胞膜表面與流感病毒結合受體分佈部位不同有關。人呼吸道細胞膜上禽流感病毒的受體可能多分佈在下呼吸道。
人感染H5N1禽流感和人感染H7N9禽流感的表現也有所差異。據我國的病例數據顯示，人感染H7N9禽流感的年齡較大，中位數年齡爲63歲，有慢性基礎疾病的患者比例較高;而H5N1禽流感病毒的感染者年齡較輕，中位數年齡爲26歲，男性感染者比例較高。
人流感的病死率較低， 2009-2010年新型H1N1甲型流感暴發期間，據我國衛計委網站的數據，病死率約0.5%，季節性流感的病死率更低。但人感染禽流感的病死率較高，據世界衛生組織目前的數據，人感染H7N9禽流感病毒的病死率約35.5%(417/1174);而人感染H5N1禽流感病毒的病死率高達52.8%(452/856)。
