如果長肛瘻的位置在腸道中比較高，則不容易潰破;隨着時間延長，病情不斷髮展，炎症可能不是向下發展，而是向上發展，形成膿腫。這種情況下，肛門口處根本摸不到硬包，也沒有其他外在表徵，造成病情更隱蔽，也更危險。如果長時間發現不了，容易形成膿血癥，甚至是敗血症。
當炎症產生的膿液向直腸以及周圍間隙發展，腸子周圍的間隙就會“腫了”，然後引起發燒等全身症狀。這種膿血，如果形成直腸肛瘻，反覆發病，最終會造成直腸狹窄，使病情更加複雜，更加難以治療。這雖不屬於普遍現象，但的確存在，請大家務必警惕。
我曾經遇到過這樣一個病例。病人多日高燒不退，達40多度，核磁等檢查手段都使用了，就是查不出病因。最終發現是肛瘻。因爲他長的肛瘻位置較深，膿腫的位置越深，發燒就越嚴重，加之從外觀上看不到變化，難以判斷。其實裏面都是膿，仔細體會，會有強烈的下墜感。一旦膿腫發展到黏膜位置後，由於那裏的痛覺神經不是很豐富，就只能感覺到下墜。而膿腫的位置越向下，疼痛就越厲害，而且能摸到硬疙瘩，便於診斷。
