痤瘡的發生主要與皮脂分泌過多、毛囊皮脂腺導管阻塞、細菌感染和炎症反應等諸多因素密切相關。引起痤瘡的病理生理基礎是皮脂腺快速發育和皮脂過量分泌，而皮脂腺的發育是直接受雄激素支配的。進入青春期後雄激素特別是睾酮的水平快速升高，睾酮在皮膚中經5-α還原酶的作用轉化爲二氫睾酮，後者與皮脂腺細胞雄激素受體結合發揮作用。
雄激素水平的升高可促進皮脂腺發育，併產生大量皮脂。部分痤瘡患者血中睾酮水平較無痤瘡者高。此外孕酮和腎上腺皮質中的脫氫表雄酮也有一定的促皮脂分泌作用。皮脂主要由角鯊烯、蠟酯、三酰甘油和少量固醇及膽固醇酯組成，痤瘡患者的皮脂中蠟酯含量較高，亞油酸含量較低，而亞油酸含量的降低可使毛囊周圍的必需脂肪酸減少，並促進毛囊上皮的角化。毛囊皮脂腺導管的異常角化是另一個重要因素。
粉刺的形成始於皮脂腺毛囊的擴大，這種擴張繼發於異常角化的角質細胞。在毛囊漏斗下部，角質形成細胞中板層顆粒減少，代之以大量張力細絲、橋粒和脂質包含體，這種角質細胞不易脫落，導致角質層增厚和角質物堆積，使毛囊皮脂腺導管堵塞、皮脂腺排出障礙，最終形成角質栓即微粉刺。大量皮脂的分泌和排出障礙易繼發細菌感染。毛囊中存在多種微生物如痤瘡丙酸桿菌、白色葡萄球菌和馬拉色菌，其中以痤瘡丙酸桿菌感染最爲重要。
痤瘡丙酸桿菌爲厭氧菌，皮脂的排出受阻正好爲其創造了良好的局部厭氧環境，使得痤瘡丙酸桿菌大量繁殖，痤瘡丙酸桿菌產生的酯酶可分解皮脂中的三酰甘油，產生遊離脂肪酸，後者是導致痤瘡炎症性損害的主要因素。此外，痤瘡丙酸桿菌還可產生多肽類物質，趨化中性粒細胞，活化補體和使白細胞釋放各種酶類，誘發或加重炎症。除上述因素外，部分患者痤瘡的發生還與機體的免疫功能等有關，特別是在一些特殊的痤瘡如聚合性痤瘡和暴發性痤瘡，免疫反應起着重要的作用。
