兒童咳嗽一般臨牀常用止咳、祛痰的藥物進行治療，如小兒肺熱咳喘口服液。若伴有咽喉腫痛等上呼吸道炎症時，可聯合使用抗生素進行治療，如果是過敏性咳嗽還需使用抗過敏藥物。具體用藥應在醫生指導下進行，切勿盲目用藥。
兒童咳嗽大多會有肺熱情況，可使用小兒肺熱咳喘口服液，具有較好的止咳化痰、清肅肺熱功效，小兒肺熱咳喘口服液中含有金銀花、連翹、板藍根、魚腥草、黃芩等中藥材，不僅治療咳嗽，還具有抗病毒的作用，可以緩解呼吸道感染的其他症狀。
咳嗽嚴重時，部分兒童可能會出現咽喉腫痛、發熱、咳喘、頭痛等症狀，此時可以使用小兒頭孢等抗生素治療，還可以在醫生的指導下進行霧化吸入糖皮質激素，可以有效的緩解局部炎症反應，對於治療咳喘有很好的效果。
兒童咳嗽若因患有過敏性鼻炎，或接觸過敏源引起，如灰塵、絮狀物、刺激性味道等，需根據過敏源使用抗過敏藥物治療，如氯雷他定、西替利嗪等。
除以上因素外，幼兒先天性呼吸、消化系統畸形、支氣管異物等因素，也可導致幼兒咳嗽。並非所有病因都可服用藥物治療，需及時查明病因，給予相關治療，並酌情使用非藥物治療或日常保健等方式。
