同所有的臨牀檢查一樣，無痛結腸鏡並不是適合所有的人。因爲麻醉後不能與操作者進行必要的配合如翻身改變體位時，也不能及時向操作者反應自己的感覺。如感覺疼痛時，這些不足都可能增加結腸鏡帶來的風險，甚至增加穿孔或使穿孔不能及時發現的可能。
因此，在做結腸鏡前一定要明確什麼情況下該做無痛的，什麼情況又是絕對的禁忌。
首先，具有下列情況者要選擇無痛結腸鏡
①有內鏡檢查適應症，但恐懼心理嚴重，以至於影響診治效果者；
②操作複雜、需時較長的檢查項目以及大多數內鏡下的治療項目；
③伴有其他疾病而病情又非常必要做結腸鏡檢查者，如伴有可控制的高血壓、輕度冠心病、陳舊性心肌梗死心功能較好、有癲癇病史的病人；
④小兒患者或精神病患者等不能合作者。
由於無痛結腸鏡要靜脈使用會對人體產生不良影響的麻醉劑、鎮靜劑和止痛劑等藥物，所以有下列情況的就不能選擇無痛結腸鏡來進行檢查和治療。
①有藥物過敏史，特別是有麻醉、鎮靜藥物過敏史者是絕對不能選擇無痛結腸鏡的。
②孕婦及哺乳期婦女，因爲藥物會影響到胎兒或小孩。
③患有容易引起窒息的疾病，如支氣管炎多痰者、胃內殘留物較多者、嚴重鼾症和睡眠呼吸暫停以及過度肥胖者宜慎重。
④心、肺疾病不能耐受麻醉者，青光眼、前列腺增生症有尿瀦留史患者。
除應用麻醉藥以外，也有醫生在研究用其他的方法來提高結腸鏡的耐受性。聽音樂做腸鏡就是一種嘗試，研究發現聽音樂能興奮聽覺中樞，能提高垂體腦啡肽的濃度，對疼痛有一定的抑制作用。欣賞自己喜歡的音樂可激起愉悅的聯想，導引良好的心理生理循環，有穩定呼吸、心率和血壓的作用。
