嚴格按照要求到正規醫院做HPV檢查，誤診率很低。但不按要求或在不正規的醫院做HPV檢查，可能存在一定的誤診率。
HPV檢查主要是收集宮頸管內脫落的細胞，採取熒光定量方法進行檢測，這種檢測方法的特異性和敏感性比較高。如能在月經乾淨3-7天內到正規醫院進行HPV檢查，檢查前嚴格遵醫囑做到檢查前三天避免同房，避免陰道塞藥、陰道沖洗，一般檢查結果準確性較高。
但未在月經乾淨3-7天內檢查，宮頸管中的分泌物較多，標本的合格率較低，會影響檢查結果的準確性。在HPV檢查前一天還同房，或進行陰道塞藥、陰道沖洗等治療，也可能會影響到檢查結果的準確性。如在不正規醫院進行檢查，醫生經驗不足，誤診率會更高一些。
做HPV檢查時，還可同時做TCT檢查，兩項結果進行比對，檢查結果的準確性會更高。
