藥物流產主要危害爲：流產不全、月經不調、流產感染及繼發性不孕症等。
1、流產不全
部分在選擇藥物流產後，陰道出現持續性出血，通過B超檢查發現子宮內有胎囊等殘餘物，造成流產不全，需再次做清宮手術。
2、月經不調
體質較差者在藥物流產後，出現月經不調，月經量明顯增多、月經週期縮短或延長等。
3、流產感染
藥物流產後，若陰道持續出血，宮腔內留存殘餘組織，可引起宮腔感染，嚴重感染上行至盆腔、腹腔併發腹膜炎、盆腔炎等。
4、繼發性不孕
藥物流產後，陰道及子宮處於相對開放狀態，爲細菌滋生提供了有利條件，若未做好護理工作，易引起感染，導致宮腔粘連及輸卵管梗阻，引起繼發性不孕症等。
