健康人體中，其腸道會寄居着大量的微生物，這些微生物的種類繁多，各種菌羣之間有一定的比例，而且互相依存互相制約，有一定的動態平衡，這就保證了人體腸道的正常和健康。如果因爲某一些原因導致了這些菌羣的數量、種類出現變化的話，人們的身體也會出現某一些疾病。那麼腸道菌羣失調鑑別診斷是怎樣進行的呢？
1、菌羣分析
這是最主要的檢查方法，醫生會根據患者的腸道分泌物進行檢查，看患者的腸道菌羣的數量、種類是否與正常人羣的菌羣有所偏差。
2、定量分析
這是一種很常用的檢查方法，把患者的糞便均質、稀釋、培養後進行計數，可以檢查出患者腸道的菌羣數量，再與正常人的數量值進行比較。
3、定性分析
這與一般的微生物檢查相同，主要在顯微鏡下觀察患者的糞便中有多少種微生物，如果出現了本不該有的細菌的話，那就說明患者的腸道菌羣出現了失調。
4、結腸鏡檢查
如果患者的腸道菌羣失調比較嚴重且已經出現了腸道病變的話，在結腸鏡的觀察下醫生們可以看到腸粘膜出現了水腫、瀰漫性充血、血管分支模糊等現象，有的腸粘膜已經開始潰爛，並有黃色假膜附着。
