卵巢巧克力囊腫是子宮內膜異位症的一種病變。而卵巢巧克力囊腫有雙側和單側之分，左側卵巢巧克力囊腫屬於單側卵巢巧克力囊腫，情況沒有雙側卵巢巧克力囊腫嚴重。
正常情況下，子宮內膜生長在子宮腔內，受體內女性激素的影響，每月脫落一次，形成月經。如果月經期脫落的子宮內膜碎片，隨經血逆流經輸卵管進入盆腔，種植在卵巢表面或盆腔其他部位，形成異位囊腫，這種異位的子宮內膜也受性激素的影響，隨同月經週期反覆脫落出血，如病變發生在卵巢上，每次月經期局部都有出血，使卵巢增大，形成內含陳舊性積血的囊腫，這種陳舊性血呈褐色，黏稠如糊狀，似巧克力，故又稱“巧克力囊腫”。
這種囊腫可以逐漸增大，有時會在經期或經後發生破裂，但很少發生惡變。雖然不會惡變，但是還是會對女性造成很嚴重的危害和影響的。
