因爲子宮內膜增生是存在一定的癌變率的，所以在治療也要及時。子宮內膜增生的癌變率發生在40歲以上的女性比較高，所以這些患者不能僅靠藥物治療，要用手術切除子宮才行。治療的前提是明確病因。如果子宮內膜增生還伴有多囊卵巢、卵巢功能性腫瘤、其他內分泌功能紊亂等症狀，就應該進行鍼對性的治療。年輕的患者則可以先考慮藥物治療。一般藥物有兩種，促排卵藥物氯米芬和孕激素類藥物。藥物的使用、療程必須要在醫生的指導下進行，並且注意對藥物是否有不良反應。
手術治療主要是刮宮吸宮術。手術治療一般用於高齡無生育計劃的女性。但要注意的是，高血壓、糖尿病、肥胖或對於手術耐受力差者，應該要謹慎選擇是否用手術治療。當然，年輕的患者在藥物治療療效不果的情況下，也應該考慮手術治療，以免病情加重或者發展成癌症或者病情反覆。
