子宮內膜薄的原因有全身因素和局部因素兩種，全身因素一般是內分泌失調，如雌激素水平偏低，孕激素不足，排卵障礙和生長激素缺乏等；局部因素主要是內膜損傷，粘連和缺如等。
人工流產是子宮內膜薄的最主要因素，因爲人流手術後的很多患者都會很久都不來月經，說明人流手術嚴重傷害了子宮內膜，造成子宮內膜薄。婦科專家說，因爲人工流產造成的子宮內膜薄一般需要很長時間恢復，有的患者甚至無法恢復所以專家建議人流手術後的患者如果過久沒有月經來，就要到醫院進行檢查。
內分泌嚴重失調的女性會導致體內激素失衡，使子宮內膜出現週期性變化紊亂，導致子宮內膜薄。子宮內膜是構成哺乳類子宮內壁的一層，會隨着性週期發生變化，對動情素和孕激素都起反應，動情素可引起子宮肥大，孕激素可促使子宮內膜發生特殊的妊娠初期變化，或改變子宮內膜的性質，使之具有產生蛻膜的能力。
子宮發育畸形也是子宮內膜薄的一個原因，但長期以來一直別人們忽略，臨牀上，有的患者的子宮造影已經不是倒梨形了，甚至是細長條，這種子宮內膜薄是先天性的，一般很難治療。
