關於避孕藥的使用安全問題一直爭議不斷，避孕藥可能引發乳腺癌的爭論也還未塵埃落定，又有人提出，口服這些短效避孕藥可能使子宮肌瘤增大，從而危害女性健康。
北京婦產醫院計劃生育科孟凡主任醫師指出，根據世界衛生組織建議，服用避孕藥從安全性上分爲4個級別，最安全的是適合使用;其次是並非首選，但
可在醫生指導下使用;三是弊大於利，但無其他方法情況下不得不選擇;四是絕對不能選擇。對於子宮肌瘤患者來說，最好選擇單孕激素避孕藥，也就是不含雌激素的避孕藥;或者選擇雌激素劑量低的複方口服避孕藥，應該不會造成子宮肌瘤的生長。
但是幾類女人明確不宜口服避孕藥，比如患有急、慢性肝炎和腎炎的婦女、患有心臟病或心功能不良和高血壓的婦女等。另外，過去月經過少者最好不用，因爲長期使用避孕藥可使子宮內膜呈萎縮狀態，更會減少月經量;避孕藥可使乳汁分泌減少，並降低乳汁的質量，還能進入乳汁，對哺乳兒產生不良影響，所以哺乳期婦女也不宜使用。
除了醫學上的禁忌外，專家還提醒，由於口服短效避孕藥的服藥時間、使用方法不當都可能影響避孕成功率，因此生活不規律或是三班倒、上夜班的女性以及經常忘記吃藥的女性也都不適宜口服避孕藥避孕。其實避孕的方法除了口服避孕藥外還有很多選擇，如使用安全套，既可以避孕又能預防性病等傳染病。另外，生育過的女性以及有長期生育間隔的女性，還可以選擇宮內節育器或者上環等方式來避孕。
